임상시험이라고 불리는 randomized controlled trial (RCT) 는 의학 연구에 있어서 높은 수준의 근거를 생산하는 연구 방법입니다. 그 결과를 보고하는 데 있어서도 철저한 기준에 따라야만 인정을 받을 수가 있습니다. CONSORT (CONsolidated Standards Of Reporting Trials) 는 그러한 기준을 제시하고 있는데, 많은 의학 학술지들이 이를 채택하고 있습니다. 그 중 RCT 에서 환자를 모집하고 연구를 진행하여 최종적으로 분석하기까지의 흐름을 보여주는 flow diagram 을 보여줘야만 하는데요, R 로 이를 그려 보고자 삽질에 착수해 보았습니다. 예시는 다음과 같습니다. CONSORT flow chart template 이와 같은 그림을 그려야만 하는데… 쉽지 않았습니다. 아주 만족스럽진 않지만 상당히 많은 시행착오 끝에 성공하였습니다. DiagrammeR 이라는 패키지를 이용하였는데요, 설치되어 있지 않다면 물론 일단 install.packages("DiagrammeR") 이렇게 설치를 하셔야겠죠. DiagrammeR 패키지는 상당히 다양한 기능과…

의학 논문에서 SI unit 로 표기를 요구하는 일이 많습니다. 임상에서 흔히 사용하는 통상적인 단위에서 변환을 해야 하죠. 예를 들어 콜레스테롤 같은 것은 ‘mg/dL’ 로 임상에서 사용하는데, 이것을 SI unit 로 바꾸면 mmol/L 로 해줘야 합니다. 이런 변환을 해주는 게 뭐가 없을까… R 에는 워낙에 수많은 패키지가 이미 있기 때문에, ‘엔간하면’ 있습니다. 이것도 찾아보니 나오네요. > library(gdata) ## 없으면 물론 install.packages("gdata") 먼저 하고... > ConvertMedUnits(200, "cholesterol", to="SI", exact=TRUE) [1] 5.18 Cholesterol 200 mg/dL = 5.18 mmol/L 로 변환이 되었네요. exact 라는 옵션이 들어간 것은 그냥 cholesterol 만 주면 LDL-cholesterol, HDL-cholesterol 도 있기 때문에 ‘cholesterol’ 과 정확히 일치하는 것을 하라고 그렇게 된 겁니다. MedUnits 라는 데이터 프레임에서 변환하려는 측정 항목의 conversion factor…